Job offers at the Institut

Mitarbeiterstellen im MTB-Report Projekt

Das MTB-Report Projekt wird in enger Kooperation mit der Klinik für Onkologie und Hämatologie und dem Institut für Medizinische Informatik und in Anbindung an die klinische Praxis durchgeführt. Ziel ist die gemeinsame Entwicklung von Methoden, Tools und Repositorien für die Aufbereitung und Bewertung von molekularen Patientendaten im Molekularen Tumor Board.

Für die drei Hauptschwerpunkte des Projektes ist jeweils einen PhD-Stelle in Zusammenarbeit mit dem jeweiligen Projektpartner zu besetzen. Im Bereich der Informatik liegt der Schwerpunkt in der Entwicklung des Reporting-Tools. Daten aus verschiedenen Quellen und verschiedenen Formaten müssen transformiert werden und Methoden zur Bewertung müssen implementiert werden, dies eventuell auch mit Methoden aus der KI. Bei der Entwicklung der Software stehen Nachhaltigkeit, Erweiterbarkeit und Nachvollziehbarkeit im Zentrum. Für das Verständnis der Daten und die Zusammenarbeit mit den anderen Fachbereichen sind sowohl Erfahrungen mit der Arbeit mit molekularbiologischen Daten notwendig als auch die Bereitschaft sich in die medizinischen Datenformate und Begriffe einzuarbeiten.

Damit verbunden ist ein weiterer Schwerpunkt des Projektes, die Einbettung des Reporting-Tools in die klinische Infrastruktur. Die Verarbeitung von Patienten- und anderen klinischen Daten unterliegt vielfältigen Anforderungen. Diverse Systeme mit unterschiedlichen Semantiken und Zielgruppen sind für unterschiedliche Aspekte der Daten zuständig. Transformation, Versionierung oder Archivierung der Daten verlangt die Erfüllung diverser funktionaler und nicht-funktionaler Anforderungen. Sehr gute Kenntnisse von nationalen und internationalen medizinischen Datenformaten und ihre Verarbeitung ist für diese Arbeit notwendig.

Der dritte Schwerpunkt des MTB-Projektes liegt stärker im (molekular-) medizinischen Bereich. In Zusammenarbeit mit Medizinern und Forschern aus der Onkologie sollen medizinische Verfahren weiter entwickelt werden. Zudem soll ein Repository, gegebenfalls durch zu Hilfenahme von Ontologien, aufgebaut werden um lokales Expertenwissen für das Reporting-Tool zu sammeln. Der klinische Schwerpunkt erfordert sehr gute medizinische und molekularbiologische Kenntnisse für die Zusammenarbeit mit den Klinikern. Zusätzlich sind für die Zusammenarbeit mit der Bioinformatik auch hier grundlegende bioinformatische Kenntnisse notwendig, idealer Weise durch ein interdisziplinäres Studium wie z.B. “Molekulare Medizin”.

Für weiter Informationen zum Bewerbungsverfahren verweisen wir auf die offizielle Stellenausschreibung.


Mitarbeiterstelle (Bioinformatiker) im MATCH-Projekt

Das MATCH-Projekt (From MoleculAr phenoTyping to personalized pharmaCotHerapy in cardiology) wird in enger Kooperation mit dem Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf, dem IRCCS San Raffaele Pisana (Rome) und dem Institute for Cardiometabolism and Nutrition Pierre & Marie Curie (Paris) durchgeführt.

Kardiovaskuläre Erkrankungen spielen weltweit eine große Rolle für Morbidität und Mortalität. Die derzeitige, einheitlich genutze Pharmako(lipid)therapie bei Patienten mit koronarer Herzerkrankung kann das Auftreten sekundärer ischämischer Ereignisse nicht ausreichend reduzieren und genetische und phänotypische Individualität des einzelnen Patienten werden vernachlässigt.

Innerhalb des MATCH Projektes wird ein interdisziplinärer und translationaler Ansatz genutzt, und Experten aus den Bereichen Kardiologie, Epidemiologie, Bildgebun, Bioinformatik, Statistik und Molekularbiologie vereint.
Das MATCh-Projekt hat zum Ziel, eine Biomarker-Signatur zu identifizieren, welche unter Lipid-Therapie bei KHK-Patienten mit einem verbesserten kardiovaskulären Ergebnis assoziiert.

Im Bereich der Medizinischen Bioinformatik liegt der Schwerpunkt in der Bioinformatischen Identifizierung und Validierung der Biomarker-Signatur sowie in der Unterstützung bei Daten- und Projektmanagement der genomischen Daten.
Für diesen Schwerpunkt ist die Stelle eines Wissenschaftlichen Mitarbeiters zu bestzen. Für Informationen zum Bewerbungsverfahren verweisen wir auf die offizielle Stellenausschreibung.


PhD position and student assitant

In cooperation with the Dept. of Evolutionary Developmental Genetics, we have job offers for a PhD position and a student assistant in the iBeetle-Base project


Student assistant, practical courses and bachelor or master thesis

If you as student are interested to work in the bioinformatic field please contact Daniela Großmann with some information about your background and motivation.

Also check out the topics and offers of the subgroups under Research.