Dr. Manuel Nietert


Wissenschaftlicher Mitarbeiter - Medizinische Bioinformatik 

Telefon: 0551-39-14920

Telefax: 0551-39-14914

E-Mail: Manuel.Nietert@med.uni-goettingen.de


Ort: Goldschmidtstraße 1, 2. OG, Raum 

ORCID iD:orcid.org/0000-0001-5443-7943

  

Forschungsinteressen / - aktivitäten 

Bio- und Chemieinformatik:

Drug Design, Liganden- und Rezeptor-basiertes Virtuelles Screening, RNA-Liganden-Wechselwirkung, Machine-Learning-Verfahren, künstliche Neuronale Netze, Selbst-organisierende Karten, Cluster-Verfahren, Pharmakophor-Modellierung, QSAR, Mustererkennung angewandt auf chemische Deskriptoren, Datenanalyse von Moleküldynamik-Simulationen, Durchflusszytometrie, Analyse von Zelltracks, Datenmanagement.

Projektarbeit:

 

Programmierung:

Java, MATLAB, SQL, Perl, Python, Shell-Scripting, C, R, KNIME, Grails, Groovy.

Kurzer Lebenslauf

[seit 09/2010]

Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Universitätsmedizin, Göttingen

[08/2007 - 07/2009]

Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Technische Universität Darmstadt

[08/2004 - 07/2007]

Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Goethe-Universität Frankfurt am Main

Veröffentlichungen

1. Jo P, Bernhardt M, Nietert M, Azizian A, König A, Wolff HA, Schirmer M, Grade M, Ghadimi M, Ströbel P, Schildhaus HU, Gaedcke J

KRAS Mutationstatus Konkordanz zwischen Primärtumor und der korrespondierenden Metastase in Patienten mit Rekumkarzinom.

Z Gastroenterol 2018; 56(08): e338-e339 DOI: 10.1055/s-0038-1669022

 

2. Jo P, Kesruek H, Nietert M, Sahlmann C, Gaedcke J, Ghadimi M, Sperling J. Inzidenz und Prädiktive Faktoren des Bilateralen Papillären Schilddrüsenkarzinoms.

Zentralblatt für Chirurgie. 2018: accepted 07. 2018


3. Lowes M, Kleiss M, Lueck R, Detken S, Koenig A, Nietert M, Beissbarth T, Stanek K, Langer C, Ghadimi M, Conradi LC, Homayounfar K.

The utilization of multidisciplinary tumor boards (MDT) in clinical routine: results of a health care research study focusing on patients with metastasized colorectal cancer.

International journal of colorectal disease. 2017; PubMed [journal] PMID: 28779354, PMCID: PMC5596058

 

4. Rühlmann F, Nietert M, Sprenger T, Wolff HA, Homayounfar K, Middel P, Bohnenberger H, Beissbarth T, Ghadimi BM, Liersch T, Conradi LC. The Prognostic

Value of Tyrosine Kinase SRC Expression in Locally Advanced Rectal Cancer.

Journal of Cancer. 2017; 8(7):1229-1237. PubMed [journal] PMID: 28607598, PMCID: PMC5463438

 

5. Jo P, Nietert M, Gusky L, Kitz J, Conradi LC, Müller-Dornieden A, Schüler P, Wolff HA, Rüschoff J, Ströbel P, Grade M, Liersch T, Beißbarth T, Ghadimi MB, Sax U, Gaedcke J. Neoadjuvant

Therapy in Rectal Cancer - Biobanking of Preoperative Tumor Biopsies.

Scientific reports. 2016; 6:35589. PubMed [journal] PMID: 27752113, PMCID: PMC5067705

 

6. Linke F, Harenberg M, Nietert MM, Zaunig S, von Bonin F, Arlt A, Szczepanowski M, Weich HA, Lutz S, Dullin C, Janovská P, Kraf?íková M, Trantírek L, Ovesná P, Klapper W, Beissbarth T, Alves F, Bryja V, Trümper L, Wilting J, Kube D.

Microenvironmental interactions between endothelial and lymphoma cells: a role for the canonical WNT pathway in Hodgkin lymphoma. Leukemia.

2017; 31(2):361-372. PubMed [journal] PMID: 27535218

 

7. Linke F, Zaunig S, Nietert MM, von Bonin F, Lutz S, Dullin C, Janovská P, Beissbarth T, Alves F, Klapper W, Bryja V, Pukrop T, Trümper L, Wilting J, Kube D.

WNT5A: a motility-promoting factor in Hodgkin lymphoma. Oncogene.

2017; 36(1):13-23. PubMed [journal] PMID: 27270428

 

8. Styczen H, Nagelmeier I, Beissbarth T, Nietert M, Homayounfar K, Sprenger T, Boczek U, Stanek K, Kitz J, Wolff HA, Ghadimi BM, Middel P, Liersch T, Rüschoff J, Conradi LC.

HER-2 and HER-3 expression in liver metastases of patients with colorectal cancer.

Oncotarget. 2015; 6(17):15065-76. PubMed [journal] PMID: 25915155, PMCID: PMC4558136

 

9. von der Heyde S, Wagner S, Czerny A, Nietert M, Ludewig F, Salinas-Riester G, Arlt D, Beißbarth T.

mRNA profiling reveals determinants of trastuzumab efficiency in HER2-positive breast cancer.

PloS one. 2015; 10(2):e0117818. PubMed [journal] PMID: 25710561, PMCID: PMC4339844

 

10. Conradi LC, Styczen H, Sprenger T, Wolff HA, Rödel C, Nietert M, Homayounfar K, Gaedcke J, Kitz J, Talaulicar R, Becker H, Ghadimi M, Middel P, Beissbarth T, Rüschoff J, Liersch T.

Frequency of HER-2 positivity in rectal cancer and prognosis.

The American journal of surgical pathology. 2013; 37(4):522-31. PubMed [journal] PMID: 23282976

  

11. Tanrikulu Y, Nietert M, Scheffer U, Proschak E, Grabowski K, Schneider P, Weidlich M, Karas M, Göbel M, Schneider G.

Scaffold hopping by "fuzzy" pharmacophores and its application to RNA targets.

Chembiochem : a European journal of chemical biology. 2007; 8(16):1932-6. PubMed [journal] PMID: 17896338

 

12. Böcker A, Sasse BC, Nietert M, Stark H, Schneider G.

GPCR targeted library design: novel dopamine D3 receptor ligands.

ChemMedChem. 2007; 2(7):1000-5. PubMed [journal] PMID: 17477344

 

Prüfungsarbeiten 

 

Nietert M (2008) - Dissertation: "Virtuelles Screening nach RNA-Liganden: zum Umgang mit einer flexiblen Zielstruktur", Goethe-Universität Frankfurt am Main.

 

Nietert M (2004) - Diplomarbeit: "Vorhersage der Blut-Hirnschrankengängigkeit von Molekülen mit künstlichen neuronalen Netzen", Goethe-Universität Frankfurt am Main.